《中国显生宙腕足动物属志》 

　　由南京古生物所戎嘉余、金玉玕、沈树忠、詹仁斌等数十位专家历时三十年全英文编撰的《中国显生宙腕足动物属志》（Phanerozoic Brachiopod Genera of China）专著于2017年出版。全志涉及的化石记录，来自显生宙的古生代和中生代9个纪的海相地层中，涵盖了从1883年至2015年间、根据中国材料创建的757个属，是现阶段对中国显生宙腕足动物的一次全面而系统的总结。 

《中国古植物志：银杏植物》 

　　2020年，由南京古生物所周志炎、杨小菊、吴向午等耗费十余年时间编著的《银杏植物》正式出版。《银杏植物》系统地总结了中国银杏植物研究上的百余年成果，作为一本有关中国银杏植物的综合性和系统性的专著，是研究此类植物的重要文献，对今后的古植物学发展也将起到积极的促进作用。 

《显生宙古气候：气候的岩石标志物图集》 

　　南京古生物所陈旭等与美、英学者自1991年起合作开展显生宙全球古气候的研究，历时20余年，编撰完成显生宙28幅全球古气候重建图，建立和改进了全球显生宙80个地块的古地磁和气候敏感沉积物数据库，绘制了寒武纪早期至中新世古气候图，相关成果专著《显生宙古气候：气候的岩石标志物图集》（Phanerozoic Paleoclimate: An Atlas of Lithologic Indicators of Climate）于2013年正式出版。 

《中国西北地区奥陶系达瑞威尔阶至凯迪阶的笔石研究》 

　　2016年，由南京古生物所陈旭等编著《中国西北地区奥陶系达瑞威尔阶至凯迪阶的笔石研究》（Darriwilian to Katian (Ordovician) Graptolites from Northwest China ）英文版出版（中文版于2018年出版），对华南、塔里木等显生宙三套主力烃源岩开展了精细地层划分和对比、古地理重建等的综合研究，并探讨了其应用于页岩气勘探的重要作用，为我国西北地区的资源探索提供理论依据。 

　　在国家科技基础性工作专项“古生物《志书》编研及门类系统总结”等项目的支持下，南京古生物所持续开展化石门类的系统总结工作，该时期出版的系列从书包括《中国牙形刺生物地层》、《中国泥盆纪牙形刺》、《中国石炭纪牙形刺》、《疑源类化石图鉴》、 《中国第四纪孢粉图鉴》等。