联系我们 | 网站地图 | English | 中国科学院
首页 概况简介 机构设置 科研装备 科研成果 招聘招生 信息公开 国际交流 学术出版物 党建文化 所内网页
新闻动态
图片新闻
头条新闻
综合新闻
学术活动
科研进展
政务公开
通知公告
2011年春节放假通知
关于我所2011年工作周...
关于申报2011年中国科...
相关链接


现在位置:首页 > 新闻动态 > 科研进展
 
我所樊隽轩研究员领导的数据库团队在2010年获得重要进展
2011-01-24 | 编辑: | 【

插图1 GBDB平台的首页(网址geobiodiversity.com)

由我所樊隽轩研究员领导的团队一直在从事古生物学和地层学综合数据平台Geobiodiversity Database(简称GBDB,网址www.geobiodiversity.com)的建设工作。经过3年多的努力,这一项目在2010年获得了一些重要的进展。 

插图2 Geobiodiversity Database在线数据平台的当前设计框架图

1)经过2009-2010的改版顺利将GBDB从一个以化石采集层位(collection)为核心的化石产出记录数据库转换为一个大型的、涵盖古生物分类信息、岩石地层信息、化石产出信息、地理信息、文献信息的古生物学和地层学在线数据平台,并且,所涵盖的学科内容还在不断扩展。 

插图3 自动生成的湖北长阳花桥妈妈沟剖面的剖面图。从左至右显示的信息分别是深度标尺、组名、层名、岩性柱、化石延限。

2)结合国际古生物学、地层学和相关学科的前沿和热点研究,开发了古生物多样性分析、生物延限可视化、生物地理可视化和定量分析、定量地层学等诸多分析功能。引入J. Ogg教授等开发的TS Creator软件,在平台中集成了地层信息的可视化功能。 

插图4 GBDB GeoVisual 1.0的可视化界面中显示的已录入的中国2000多个剖面的分布概况

3)由GBDB团队的侯旭东和樊隽轩开发的地学信息可视化软件GeoVisual 1.0的著作权获得国家版权局的批准,登记号2010SR067164。GeoVisual 1.0基于ArcGIS API for Flex 1.3开发,主要用于古生物学数据的空间信息可视化和空间分析。该软件集成在GBDB数据平台中。由于古生物学与地层学数据的一个特点是,几乎所有的数据都是可以通过GPS数据在空间准确标定。因此,借助于GeoVisual软件,就可以很好地帮助用户从海量数据中找寻规律,并辅助开展数据的分析,如动物群的生物地理分析、特定地质体的时空分布分析、古生态研究、生物多样性分析等。GeoVisual 1.0的界面如插图4所示,其开发参考了Sample Flex Viewer,采用了Widget编程模式(类似于插件式应用框架),软件中集成了多种高精度的全球地图资源,包括地理交通图、卫星图、地形图等。插图5显示的是GeoVisual 1.0用于生物地理分析的一个样例。

插图5 GeoVisual的地理分析功能

4)提供了对定量地层对比方法的支持,包括SinoCor和CONOP这两种主流方法。 

5)截止2011年1月,累计完成了20万数据条目的整理和数字化工作,目前从数据量和分析功能来看,GBDB已经成为全球第二大的古生物学数据库和最大的地层学数据库。

6)组建了一个由数据录入、平台开发和数据分析人员组成的数据库建设团队,这一团队由6名专职数据录入人员、3名平台开发和GIS开发人员,以及多名研究生和数据分析学者。此外,团队周围还凝聚了一批学科专家从事数据的录入、审核和分析工作。 

插图6 获奖证书

7)建立了完善的数据共享策略和用户分级体系。一方面,行之有效的数据共享策略的实行,消除了科学家对于数据公开而导致的成果被人抢先试用和发表的疑虑,从而能吸引更多的的科学家集成数据、使用数据和共享数据;另一方面,建立了完善的用户分级体系,既保证了数据的质量,也利于对数据的再加工和数据质量提升。通过这些技术手段,加上日益增长的高质量的数据条目和在线数据挖掘与分析工具,才可能实现数据库的长期可持续发展。这一成果在正式发表后(樊隽轩, 陈峰, 张华. 2010. Geobiodiversity Database(GBDB)的用户分级体系与数据共享策略. 见中国科学院科学数据库办公室(编), 科学数据库与信息技术论文集(十). 北京,兵器工业出版社. 362-369.),被评为“科学数据库与信息技术第十届学术研讨会”的优秀论文(插图6),成为国家“科学数据库”项目众多建库单位参考的一个成功经验。 

插图7 会议合影

8)2010年7月21-27日,数据库团队为主组织了第一届定量地层学和古生物学国际讨论会及暑期讲座。会议主题包括演化古生物学、定量古生物地理学、古地理重建、定量地层学、分支系统学等。该会议的目的是试图通过组织国内外相关学科和领域的科学家,对国际间定量地层学和古生物学的新理论、新观点、新方法开展开放式的学术交流和综合性的学术研讨,内容涉及多学科、多领域和多层次,并对一些相关的热点问题进行解剖。希望通过这一系列会议,在中国建立一支能熟练开展地层学、古生物学、古生物地理学、古生态学、演化古生物学等多学科前沿与热点研究的人才队伍。该次会议与会人员80余人,其中研究生和本科高年级学生占2/3,国内与会者来自11个高校和研究所;外宾16人,来自美国和加拿大的8所高校。 

9)GBDB项目的最终目标,是将GBD逐步发展成为一个长期稳定的、各国学者研究中国乃至全球材料的重要的数字化科研环境,同时也是中国学者开展区域和国际合作的一个重要平台。这一目标也在逐渐实现的过程中。在2010年,GBDB获得的另一个重要进展是,美国D. Goldman博士于2010年夏天获批的美国基金委项目“Graptolite Biogeography, Paleo-GIS, and Evolutionary Dynamics of Early Paleozoic Zooplankton”,其中明确提到将依托GBDB平台建设该项目的数据库(全球数据库),并将GBDB作为数据分析的重要依托平台。此外,在笔石Treatise的第三编的撰写过程中,GBDB也被引入用于生物地理部分的分析工作。GBDB成员(樊隽轩)并受邀在Treatise中负责撰写“Chapter 15 graptolite database”。这些表明,GBDB已经通过其多样化的分析功能、丰富的中国数据和强大的潜力逐渐在国际间获得了认可。

 

我所樊隽轩研究员领导的数据库团队在2010年获得重要进展

插图5 GeoVisual的地理分析功能







 
  相关新闻
Copyright 2009 中国科学院南京地质古生物研究所
地址:南京市北京东路39号(210008) Tel:025-83282105 Fax:025-83357026 Email:ngb@nigpas.ac.cn 微信公众号:NIGPAS(中科院南古所)
苏ICP备05063896号 苏公网安备32010202010359号